1939-ben kitört a második világháború. Igaz, hogy hazánk ebből két évig kimaradt, mint nem hadviselő fél. A külföldi utazások azonban az új helyzetben lehetetlenné váltak.
Szerencsére azonban a hazai utazási lehetőségek kibővültek. Ismert tény, hogy Magyarország területe 1938-1941 között kétszeresére növekedett. Szőnyi Jenő 1939-ben Kassára vitte a Medve utcai polgáristákat, majd később tanulmányi kirándulást szervezett Észak-Erdélybe.
1941-ben hazánk Hitler érdekében belesodródott a háborúba. Szőnyi Jenő nem állt a háborús propaganda szolgálatába. Jellemessége és jó ízlése egyaránt visszariasztotta ettől.
Művészi tevékenységét tovább folytatta. Budai környezetét igyekezett megörökíteni. Olajképet festett a Zugligetről. Pasztelleket készített Gyárudvar, Martinozás, Külváros, Friss hó és A Szent János Kórház kertje címmel. Az említett műveket 1942-ben mutatta be a II. kerületi Szilágyi Dezső tér 5. sz. épület kiállítótermében.
Németh Lászlóval való barátsága folytatódott. Az írót 1937-1942 között élénk kapcsolat fűzte a Nemzeti Színházhoz. Az ő segítsége is közrejátszott abban, hogy Szőnyi Jenő sok színésszel megismerkedett. (A színjátszás egyébként nem volt idegen a művésztanártól. Ekkoriban Szőnyi Jenő több esetben statisztaként szerepelt a Margitszigeti Szabadtéri Színpadon.)
Ezekben az években sok rajzot és karikatúrát készített színészekről. Dr. Czenner Mihály Magyar színészportrék katalógusa című könyvében mutatta ki, hogy Szőnyi Jenőnek összesen 96 ilyen tárgyú műve keletkezett 1945 előtt.
E művek legnagyobb csoportját a tollrajzok képezték. Szőnyi Jenő harmincötöt alkotott, közöttük Fedák Sáriról, Karády Katalinról és Somlay Artúrról.
Ekkoriban 29 ceruzarajzot készített. Ezek közül kiemelkedik Honthy Hannáé, Latabár Árpádé, Makláry Zoltáné, Pethes Ferencé és Rátkay Mártoné.
A fentebbieken kívül 15 tusrajzot és 7 pasztellképet alkotott. Kisebb számban szerepeltek más műfajok. A művész 6 tintarajzot és 2 krétarajzot* készített.
Különösen érdekesek azok a művek, amelyek szerep közben mutatják be a színészeket. Az igazi Passió című darab 1943-as előadásáról összesen 11 szerepes képet alkotott. Így például Abonyi Gézát Krisztusként, Kürthy Györgyöt Pilátusként, Ónodi Jánost Péter apostolként, Lánczy Margitot Máriaként mutatta be. Kitűnően sikerült Major Tamás ábrázolása Júdás szerepében; ez a kép karikatúrának is beillett volna.
Szőnyi Jenő ekkoriban a színházak részére is festett díszleteket. (Ezt tette például 1943-ban a Nemzeti Színház felkérésére a Bánk bán előadásához.)
1940 és 1943 között élénk kapcsolatba került a Magyar Rádióval. Az ott szereplő művészekről karikatúrákat készített. Ezeket a Magyar Rádió Stúdiójában több alkalommal is kiállította. A Rádióújság kedvező kritikákat közölt ezekről a karikatúrákról.
Kapcsolatba került a Forrai-kórussal. 1941 decemberében ez az énekkar a Zeneakadémián lépett fel. Szőnyi Jenő erre az alkalomra plakátot rajzolt, ami sokszorosítva jelent meg…
Nehéz háborús évek voltak ezek. A bizonytalanság és a növekvő drágaság nyomasztóan hatott a tanári karra és a diákságra egyaránt. Ehhez járult az 1943-as hajsza Németh László ellen. Az író haladó nézeteket vallott és elítélte a fajgyűlöletet. Emiatt jobboldali körök kampányt indítottak ellene. 1943 őszén a tantestület kénytelen volt ebben az ügyben rendkívüli értekezletet tartani. Itt el kellett volna ítélni Németh László tevékenységét. Szőnyi Jenő és másik gondban voltak: hogyan védjék meg tisztelt kollégájukat?
A probléma aztán váratlanul megoldódott. Alig ült össze az említett értekezlet, Németh László szót kért és bejelentette: lemond iskolaorvosi állásáról. A hajsza ezzel tárgytalanná vált. Ismert tény, hogy az író a következő éveket vidéken töltötte. 1945 után hosszú ideig Hódmezővásárhelyen tanított.
Németh László iránti szolidaritásból Szőnyi Jenő is megvált a Medve utcától. Más fővárosi iskolába került át.
1944-ben jött a náci megszállás. A tanévet már áprilisban(!) be kellett fejezni. Ősszel pedig az iskolai év nehezen indult, hiszen a bombázások miatt többhetes szüneteket tartott.
1944 végén tombolt a nyilas terror. Ekkor Szőnyi Jenő igaz humanistának bizonyult. Rhédey utcai lakásában hosszú hónapokig bujtatta a politikai okokból üldözött Peterdi Máriát, kinek édesanyja: Várnai Zseni költőnő ekkor másutt rejtőzködött.
Karácsonykor megkezdődött Budapest ostroma. A Rhédey utcai ház lakói is a pincébe húzódtak vissza.
Egy januári napon több belövés érte ezt az épületet. A ház égett. A lakók kénytelenek voltak azonnal elhagyni az épületet. A Szőnyi-házaspár és Peterdi Mária másokkal együtt menekült az utcára. Várnai Zseni Nem volt hiába című önéletrajzi regényében idézte lánya visszaemlékezését: „A legmagasabb férfi, Szőnyi, a kétméteres énektanár a feje fölé emelte a ház legkisebb gyerekét, hogy a harcoló felek messziről láthassák, hogy civilek menekülnek kisgyerekekkel az égő házból- az aszfalton kopogtak a golyók, mint a jégeső.”
Szőnyi Jenőék bemenekültek egy közeli épület üres házmesterlakásába. Hamarosan szovjet katonák jelentek meg; ez jelezte, hogy a front átment felettük. A beteg Peterdi Mária kórházba került.
Februárban véget értek a harcok Budapesten. Várnai Zseni kereste lányát. Szerencsére az utcán találkozott Szőnyi Jenővel; tőle tudta meg, mi történt a lányával. Nemsokára Peterdi Mária találkozhatott édesanyjával. Várnai Zseni már említett regényében hálásan emlékezett meg Szőnyi Jenőről…
Peterdi Mária, illetve a már említett kisgyerek megmentése új oldaláról mutatta be a művészt. „Ember az embertelenségben” – Ady Endre e sora Szőnyi Jenőre is ráillik.
Az említett művek az Országos Színháztörténeti Múzeumban vannak.
7: Háború után